科学家本（ZachGalifianakis饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔SamRockwell配音）下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（BillNighy饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片...